Dans un étrange et lointain futur, une agent secret du nom d’Aeon Flux (ayant ici les traits de Charlize Theron) va devoir fourbir ses armes mortelles afin d’anéantir la tyrannie en place. Cette prise de pouvoir, organisée par un congrès de scientifiques, a perverti la cité souveraine, dernière survivante d’un monde en ruine. L'espèce humaine est proche de l'extinction, le seul moyen de survie, c'est vous. Aeon Flux se veut donc un mélange d'action-infiltration, mâtiné de combats acrobatiques. Pour se sortir des situations les plus perilleuses, l'agent Aeon dispose d'un arsenal complet d’armes futuristes complèté par une multitude de gadgets dont un qui rendra confus vos ennemis. L'histoire, adaptée de la série animée de Peter Chung diffusée sur MTV au milieu des années 1990, est essentiellement un récit de science-fiction classique prenant place dans une société futuriste, sous contrôle totalitaire et parfaite, mais moins parfaite qu'elle n'y paraît.

Un casting composé d'acteurs oscarisés et nominés, un réalisateur reconnu (Kusama avait déjà réalisé le film acclamé « Girlfight ») avec une équipe compétente aux commandes, et un film qui évolue dans un (sous-)genre actuellement très populaire : la science-fiction d'action. À première vue, on pourrait penser qu'il n'y a pas grand-chose à redire. Car si ce genre est souvent jugé trop léger, des films comme « Matrix », « Star Wars : La Revanche des Sith » et « Serenity » ont prouvé que ce genre peut être apprécié. Pourtant, le studio semble avoir eu peu confiance en « Æon Flux » (aussi connu sous le nom d'« Aeon Flux »). Aux États-Unis, le film n'a pas été présenté en avant-première aux critiques, peut-être par crainte d'être fustigé de toutes parts. Si les critiques ne sont pas vraiment élogieuses, le film n'est certainement pas aussi monstrueux que le suggère le battage médiatique. En fait, malgré l'absence de véritables moments forts, une grande partie du film reste assez agréable. Une scène d'action correcte ici et là, des thèmes sous-jacents intrigants, des environnements attrayants, des gadgets high-tech amusants et une actrice principale sexy dans des tenues moulantes et accentuées : un élément captivant ne tarde jamais à se matérialiser. Mais les rebondissements surprenants, souvent liés aux identités ou à la nature inattendues des personnages, n'offrent que peu de suspense. Le secret central finalement dévoilé n'est pas non plus une surprise totale. Cependant, le thème connexe, concernant la valeur et la définition de la vie humaine, reste toujours aussi intéressant. Ce sont les fragments de contenu découverts ici qui rendent parfois le film captivant sur le plan narratif.

De plus, le film repose principalement sur son apparence – il faut l'admettre, principalement celle de l'actrice principale – et sur quelques séquences d'action correctes. L'assaut du bâtiment gouvernemental par un sprint acrobatique à travers un jardin rempli de plantes tirant des flèches empoisonnées mortelles est à la fois un peu kitsch et franchement divertissant. De plus, le combat entre Flux et un adversaire mortel entre deux mondes – Flux porte une armure lui permettant de passer d'un monde à l'autre ou d'une réalité à l'autre – est une idée amusante. Il est également surprenant de constater à quel point certaines scènes restent réalistes. Qu'il s'agisse d'un combat armé entre Flux et un groupe de soldats, ou de son saut dans le musée volant, la Relique, où elle tente de toutes ses forces de s'accrocher à des morceaux de tissu flottants, on y retrouve une bonne dose de logique terrestre (biomécanique), malgré la nature et le contexte fantastiques de nombreuses scènes. Enfin, Charlize Theron mérite d'être saluée pour les prouesses acrobatiques dont elle fait preuve dans le film. Elle s'est entraînée assidûment dans des disciplines comme le karaté, la capoeira et le trampoline, et cela porte ses fruits. Theron fait des roues, des saltos, rampe sur les toits telle une sorte de Spider-Man au féminin et parvient à neutraliser ses ennemis de toutes sortes de manières acrobatiques. L'une de ses préférées est le « handstand neck twister », où, à la manière de Famke Janssen dans « GoldenEye », elle place ses jambes derrière la nuque de son adversaire puis laisse ses cuisses puissantes faire le travail. Point important pour le plaisir du spectateur, elle exécute tout cela vêtue de combinaisons moulantes, qui mettent parfaitement en valeur ses courbes féminines et que la caméra apprécie visiblement. Son rôle est bien sûr moins exigeant que dans « Monster », mais elle parvient tout de même, surtout plus tard dans le film, à insuffler suffisamment d'émotion à son personnage. On ne peut pas en dire autant de son partenaire à l'écran, Marton Csokas, qui joue comme si toute vie avait été aspirée en lui. Theron en souffre également au début du film, mais cela peut être attribué à l'évolution de son personnage. Csokas reste une créature terne et sans vie tout au long du film. Il joue ici avec autant de somnambulisme que dans « Le Seigneur des Anneaux », où il incarnait Celeborn, l'époux de la reine elfique Galadriel. Pour ce rôle, cependant, c'était souhaitable : cela conférait au personnage une certaine noblesse, mais dans ce cas, c'est tout simplement ennuyeux.