Naruto et ses amis ont enfin atteint le repaire d'Orochimaru et ont la surprise de retrouver Saï qui a bien changé depuis les précédents tomes. Il a en effet décidé de se reprendre, et a réintégré l'unité Kakashi. Les réelles motivations du personnage sont comprises après un long flashback dans son passé, et cela permet d'éclairer le récit sous un autre angle. Malgré tout, le double jeu de Sai obligera les éternels apprentis ninja a rester sur leur garde. Nous ne sommes pas à l'abri d'une mauvaise surprise par la suite. L'aparté étant terminé, Naruto reprend sa route et ne tarde pas de se trouver face à Sasuke. Sakura et Naruto ont beau y faire, ils ne parviennent pas à ramener à la raison Sasuke, personnage que l'on découvre aujourd'hui adulte. Orochimaru et Kabuto débarquent à ce moment là, et tous décident de s'enfuir ...