Dans le pays de Clow, vivent Sakura et Shaolan, qui s'aiment secrètement. Shaolan, simple citoyen, vit au sein de la famille royale depuis que son père archéologue est mort. Les années passent et Shaolan reprend le travail entamé par son père en explorant les ruines du pays de Clow. Un soir, les deux amis découvrent un étrange blason dans les sous-sols et subissent une attaque ennemie. Une force mystérieuse fait perdre la mémoire à Sakura et les plumes qui matérialisent son âme se dispersent. Pour la sauver, il n'y a quÕun seul moyen : Shaolan doit voyager de dimension en dimension pour retrouver les fragments de mémoire de Sakura.

Shaolan et les autres sont arrivés au pays du Sable. Ils sont accueillis de manière plutôt violente par Kamui et ses hommes. Shaolan a tout de suite remarqué la force exceptionnelle de Kamui. Nos héros se retrouvent embarqués contre leur volonté dans une guerre menée contre un autre clan, celui des gens de la tour. Dans le même temps, Shaolan et Sakura sont victimes de phénomènes tout à fait étranges.