Le coeur du manga se déroule dans un campus, la Duel Academy, perdu au beau milieu des mers du Sud. C'est là que les personnages déambuleront de lieux en lieux à la recherche d'adversaire ou de conseils dans les salles de classe. Toujours avec les modèles de types traps, monsters et spells, les cartes permettront d'avantage de tactique offensive et défensive que par le passé. L'établissement doit en effet formé les meilleurs duellistes au monde, et est divisé en trois départements, le Ra Yellow, l'Obelisk Blue et l'Osiris Red. Jûdai (le héros principal représenté sur la couverture) est aujourd'hui en danger. S'il ne parvient pas à prouver ses compétences, il sera exclu de l'académie !

Après avoir affronté avec succès un de ses professeurs, il parvient à trouver sa place dans l'académie mais il va vite comprendre que la réelle difficulté de l'aventure sera de se remettre constamment en cause. Ce qui a fait le succès de Yu-Gi-Oh répond une nouvelle fois présent et nous assistons donc au retour du traditionnel jeu de cartes dans une version très complète, intégrant plus de 2400 cartes. Comme à l'accoutumée, Jûdai dispose d'un deck dit de démarrage qu'il devra faire fructifier afin de se forger un jeu complet au fil des parties. Les figures marquantes du dessin animé sont présentes et l'action paraît toujours très claire. Les dessins de Yu-Gi-Oh! GX apparaissent quant à eux assez agréables.