Naruto s'est réfugié sur le Mont Myôboku afin d'essayer de maîtriser l'art des ermites. Il faudra qu'il laisse exprimer tout son talent s'il veut parvenir à sauver une nouvelle fois Konoha. Et cette fois, les Pain ont débarqué au village. Voilà qui promet un combat sans merci, et il le sera. Pourtant, Naruto arrivera à prendre le meilleur et à terrasser les Pain, enfin presque tous. Il reste l'original qui menace l'avenir de Konoha, mais également l'ordre des shinobis. Naruto sait qu'il doit agir vite et prend le risque d'aller combattre seul. Cet ultime affrontement s'annonce délicat.

De nombreux défis attendent encore notre jeune héros, et l'Akatsuki, l'organisation secrète malfaisante, semble encore préparer un mauvais coup. Afin de les prendre de vitesse, le Raikage a convoqué les Cinq Kage, à l'occasion d'une assemblée extraordinaire. Les grands chefs vont devoir se mettre d'accord rapidement, s'ils veulent stopper la propagation de l'ennemi. Plus facile à dire qu'à faire il est vrai ...