1863, plus rien ne va à Kyoto : les fiefs de Chôshû et de Doshû attaquent depuis des années la population, prétextant une punition divine... puisque selon eux, le shogunat serait infidèle à l'Empereur ! Tous ceux qui tentent de les arrêter meurent les uns après les autres.  Mais un shinsengumi, force policière spéciale composée de samouraïs et de paysans et loyale envers l'Empereur, décide alors d'aider le fief d'Aizu à arrêter ces massacres. Jusqu'au moment où ils découvrent que leur propre chef ne se bat pas réellement pour le Shogun, ni pour sauvegarder l'indépendance du pays, face aux invasions étrangères...