La Fleur Millénaire (Joou no Hana au Japon) est un manga toujours en cours de publication, et qui a connu douze tomes à ce jour aux éditions Shogakukan. Il y a fort longtemps, il existait une terre divisée en quatre pays : So, Ko, Do et Â. Le roi de  s'est marié dans un premier temps avec une femme de Ko, puis en deuxième noce avec une femme de Do, ce qui a eu pour conséquence de forger une alliance fragile entre les trois pays. Lorsque la Seconde Reine a donné naissance à un fils, le roi a envoyé sa première épouse malade et leur fille Aki dans les profondeurs du palais. Mais le destin a voulu que la princesse Aki rencontre un esclave nommé Hakusei, un personnage aux yeux bleus et aux cheveux d'or. Il promet de lui être entièrement dévoué si Aki contribue à son entraînement dans la maîtrise des Six Arts, sous la supervision de l'énigmatique marchant Seitestu. Toutefois, lorsque Aki surpasse le Prince durant une épreuve de chasse (où elle tenta de gagner la reconnaissance de son père), elle va déclencher malgré elle une guerre qui va souiller l'honneur de Do et entraîner la deuxième Reine à empoisonner sa mère. Bannie du royaume, Aki pourra compter sur fidèle Hakusei pour rejoindre le petit pays de Ko, avec le vœux de revenir un jour à  pour accomplir sa vengeance.

Lorsque Aki apprend ce qui se passe au pays de Â, elle sait qu'elle va devoir affronter son destin, et affronter un jour ou l'autre la Reine de Dô. La route s'avère en tout cas très longue, car les rencontres ennemies ne manqueront pas. Elle ambitionne d'utiliser les mêmes armes que l'ennemi ... à savoir mener un coup d'État lors de la cérémonie de mariage qui devait l'unir avec le roi de Sô. Pour ce faire, Aki conspire avec le prince Tan en personne. Pendant ce temps, Hakusei a enfin réunit les deux morceaux du sceau royal, et Aki va pouvoir prendre la tête du pays de Â. Mais l'irruption de Kô, le frère aîné de Tan, va venir sérieusement compliquer leur plan ...